การคัดแยก และระบุชนิดด้วยวิธีทางอณูชีววิทยาของเชื้อวิบริโอและแบคทีเรียก่อโรคทางเดินอาหารจากร้านอาหารทะเลริมทาง จังหวัดบุรีรัมย์

Abstract

การคัดแยกและระบุเชื้อวิบริโอและแบคทีเรียก่อโรคในทางเดินอาหารที่ปนเปื้อนในอาหารทะเล ใช้วิธีการสุ่มเก็บตัวอย่างอาหารทะเลจากร้านค้าริมทาง จำนวน 5 ร้านค้าในอำเภอเมือง จังหวัดบุรีรัมย์ การแยกโคโลนีของแบคทีเรียใช้วิธีเพาะเลี้ยงในอาหารวุ้น TCBS ที่มีความจำเพาะต่อการเจริญเติบโตของชนิดแบคทีเรีย การเพิ่มจำ นวนยีน 16S rRNA ในแต่ละโคโลนีใช้ปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส และวิเคราะห์ด้วยวิธีชีวสารสนเทศ การกำหนดสายพันธุ์ และสปีชีส์ของแบคทีเรีย ใช้วิธีการ BLASTN และ อ้างอิงฐานข้อมูลของ GenBank โดยใช้ค่าร้อยละความเหมือน และคะแนนรวมจาก BLASTN จากการ วิเคราะห์พบแบคทีเรียจำนวน 6 สายพันธุ์ และสามารถแบ่งออกเป็นสองกลุ่ม กลุ่มแรก คือ แบคทีเรีย ที่เป็นสาเหตุการเกิดโรคอาหารเป็นพิษในมนุษย์ ได้แก่ สายพันธุ์ Vibrio, Aeromonas และ Shewanella กลุ่มที่ 2 ได้แก่ สายพันธุ์ Kluyvera, Providencia และ Klebsiella ซึ่งตรวจพบจากการ ปนเปื้อนในขั้นตอนการแปรรูป การเก็บรักษา การขนส่งลำ เลียง และการปรุงที่ไม่ถูกสุขลักษณะของร้านค้า ข้อมูลจากแผนภูมิต้นไม้พบว่าสายพันธุ์ Aeromonas มีความแตกต่างทางวิวัฒนาการเมื่อเทียบกับ สายพันธุ์ Vibrio, Shewanella, Kluyvera, Providencia และ Klebsiella ความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการ ที่ได้จากแผนภูมิต้นไม้นี้ แสดงให้เห็นถึงความหลากหลายของการปนเปื้อนแบคทีเรียที่เป็นสาเหตุของการเกิดโรคอาหารเป็นพิษ ทั้งจากเชื้อที่มาจากแหล่งอาหารทะเล และการปนเปื้อนจากสิ่งแวดล้อม ข้อมูล ที่ได้จากการศึกษานี้ จะเป็นประโยชน์ในการเฝ้าระวังในเชิงระบาดวิทยาจากโรคอาหารเป็นพิษที่มีสาเหตุ มาจากการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียจากอาหารทะเลต่อไป

Screening and identification of Vibrio and enteropathogenic bacteria in seafood were carried out. Seafood samples were randomly collected from five street food restaurants in Muang district, Buriram province. The bacterial selective medium thiosulfate-citrate-bile salts-sucrose (TCBS) agar was employed for the isolation of bacterial colonies. Amplification of 16S rRNA genes of each isolated bacterial colony was accomplished using polymerase chain reaction (PCR) and the purified amplicons obtained were subject to further analysis using bioinformatic strategies. Assignment of the amplicon sequences to genus and/or species level was based on BLASTN. The results were compared to the information in GenBank database using percent identity and total score in the priority parameters. The BLASTN results indicated that bacteria from six genera were found and categorized into two groups. The first group was pathogenic bacteria that were the causative agents of food poisoning in human, including Vibrio, Aeromonas, and Shewanella. The second group included Kluyvera, Providencia and Klebsiella, which were commonly found and caused food contamination during food processing, preservation process, transportation, and unhygienic cooking in street food restaurants. Based on the phylogenetic tree, it was found that Aeromonas was evolutionarily different from Vibrio, Shewanella, Kluyvera, Providencia and Klebsiella. The phylogenetic tree manifesting the evolutionary relationships among the isolated bacterial strains implied a wide diversity of bacterial contamination that caused food poisoning, with their sources being from seafood and environmental contamination. The information obtained from this study should be of use for epidemiological surveillance of seafood poisoning caused by bacterial contamination in the future.